Die Geschichte der Kirchengemeinden Mühlhausen und Bachhausen ist eng miteinander verwoben, da beide eine regionale Nähe zueinander haben und im sogenannten Landl beheimatet sind.
Bei der Christianisierung gehörte unsere Gegend - der Sulzgau - zum Bistum Regensburg. Missionar Emeram wirkte hier um das Jahr 700. Um 745 gründete Bonifatius das Bistum Eichstätt, zu dem schließlich auch Bachhausen zählte.
Im 13. und 14. Jahrhundert gehörte der Ort den Herren von Stein (Hilpoltstein), die auf der Körnersdorfer Seite auf halber Höhe vom Schlüpfelberg die Stiftung „Kloster zum heiligen Grab“ errichten ließen. Diese war mit einer stattlichen Schenkung bedacht und wurde vom Kloster Plankstetten betrieben. Da die Linie der von Stein ausstarb ging der Besitz 1550 an die Wolfsteiner über. Schon 1353 bekamen die Wolfsteiner Herren das Land um Sulzbürg mit 13 Ortschaften von Karl IV. als kaiserliches Lehen zugesprochen. Der Hauptsitz war in Obersulzbürg.
Unsere Vorfahren in dieser Zeit waren leibeigene Bauern. Das Land gehörte dem Adel und der Kirche bzw. den Klöstern. (Plankstetten, Seligenporten).
Ursprünglich und auch noch bis mindestens ins Jahre 1480 (urkundlich erwähnt) werden die Orte Bachhausen, Mühlhausen und Hofen als Filiale von der Pfarrei Weidenwang bezeichnet.
Nach Beginn der Reformation, die mit dem Anschlag der 95 Thesen an die Schlosskirche in Wittenberg auf das Jahr 1517 datiert ist, startete auch im Landl ein reformatorischer Prozess. In den Jahren 1561 bis 1584 wurde von den Reichsfreiherren von Wolfstein ihr Gebiet rund um Sulzbürg dem Lutherischen Glauben zugeführt. Andere Bereiche in der Oberpfalz schon ab 1530. Bachhausen mit Körnersdorf und Mühlhausen wurde 1584 eine Kirchengemeinde mit dem Pfarrhaus in Bachhausen.
Die Gegenreformation der Oberpfalz während des 30jährigen Krieges ab 1621, die zu einer Rekatholisierung der Gegend führte, hatte im Wolfsteiner Gebiet keinen Einfluss. Es war eine eigenständige Herrschaft inmitten von Kurbayern und konnte die Religionszugehörigkeit frei entscheiden. Sulzbürg war auch ein zentraler Ort der jüdischen Religion. Die Zerstörung während des Krieges von 1618 – 1648 war so groß, dass nur 30 % der Bevölkerung übrigblieb.
Daher war man anschließend sehr froh über evangelische Glaubensflüchtlinge aus dem österreichischen Inn-, Wald- und Mühlviertel und dem Ländchen ob der Enns um das Jahr 1650 – 1660. Letztere gaben ihrer neuen Heimat den Namen „Landl“.
In dieser Zeit wurden in der Kirche Bachhausen die 3 Altäre entfernt und ein neuer Hauptaltar errichtet. Weil die Kirche die wachsende Bevölkerung bald nicht mehr fassen konnte, entschloss man sich 1736 zum Umbau mit großzügiger Unterstützung vom Reichsgrafen Christian Albrecht von Wolfstein. Der Altar und die Kanzel sind zwischen toskanischen Säulen angeordnet, wie in Sulzbürg und Sulzkirchen. Dies war in Bayern einmalig außer im Bayreuther Raum.
In der Petruskirche fällt insbesondere auf: die Seligpreisungen an der umlaufenden Holzempore, Gott als Auge im Dreieck vorne an der Kanzel, der Sohn am Kreuz darunter und der hl. Geist als Taube am Deckel der Kanzel. 2 Schmiedearbeiten als Symbole für das Abendmahl und eines für die Trauung von Kunstschmied Armin Köbler aus Veitshöchheim, dessen Vater ein Bachhhauser war. Hinter dem barocken Taufbecken, der in Gobelintechnik gewebte Bildteppich von Webmeisterin Fr. Münch aus Ebratshausen. Er stellt das Buch mit 7 Siegeln dar. An der Westseite ein Flachrelief als Kalkstein mit Wappen von Wolfstein, Hohenlohe und dänischem Elefantenorden. An der Decke ein Christusmonogramm. Die Orgel ist von 1904 und ist für weiche, kräftige Akkorde bekannt.
Der Neubau der Schlosskirche in Sulzbürg wurde 1723 eingeweiht.
Als Vorbild für die Gottesdienstordnung diente im Landl die Brandenburgisch-Nürnbergische Kirchenordnung. Sie wurde 1809 von der Verfassung der protestantischen Kirche in Bayern abgelöst. Das Landl war das erste geschlossene evangelische Gebiet im damaligen Bayern und bildete ein Dekanat mit Sitz in Sulzkirchen. Ab 1814 dann in Pyrbaum. Seit 1914 in Neumarkt.Heute umfasst das Dekanat die KiGe Neumarkt, Sulzbürg mit Kruppach, Wettenhofen, Rocksdorf, Hofen, Ellmannsdorf und Kerkofen. dann Bachhausen-Mühlhausen, Sulzkirchen-Oberndorf mit Freystadt, Allersberg-Ebenried, Pyrbaum, Beilngries-Berching mit Dietfurt, und Parsberg. Dazu kommen 14 Diaspora-Orte. Das Haus der Landeskirchlichen Gemeinschaft EC ist in Hofen.
Für katholische Bürger wurde in Mühlhausen 1951 eine Notkirche gebaut und 1961 ein leerstehendes Kino gekauft und zur Pfarrkirche St. Joseph umgebaut. Um 1960 waren beide Religionen in Mühlhausen zahlenmäßig gleich verteilt.