Erste Erwähnung der Kirche in Oberndorf
Im wertvollsten Buch der Eichstätter Diözese, dem Pontificale Gundecarianum, sind 126 Kirchen und Kapellen aufgezeichnet, die Bischof Gundekarl 1. (1057 -1075) weihte, "Oberelldorf" steht an 91. Stelle. Aufgrund von Vergleichen mit anderen Urkunden ist sicher, daß die Weihe in Oberndorf zwischen 1065 und 1071 erfolgte. Bei dieser Kirche dürfte es sich um eine Holzkirche gehandelt haben.
Später wird in den Regesten (= Urkunden) der Bischöfe von Eichstätt unter der Nummer 501 von einer Kirche berichtet, die Bischof Otto (1182 - 1196) als die Nummer 68 bei 105 Neubauten weihte, was zwischen 1188 und 1194 geschah. Es handelte sich dabei um eine Steinkirche im sog. Übergangsstil zwischen Romanik und Gotik. Kennzeichen dieses Übergangsstils sind einerseits das Festhalten an der bisherigen Bauweise, der Romanik, aber auch die tastenden Versuche nach neuen Formen, wie sie dann in der Gotik üblich sind. Dieser von Bischof Otto geweihte Bau hat sich bis heute fast unverändert erhalten.
Einführung der Reformation
1561 trat der katholische Pfarrer von Obemdorf, Adam Übellen, und mit ihm die ganze Gemeinde Oberndorf zum evangelischen Glauben über. Im selben Jahr 1561 folgten Pyrbaum, 1566 Sulzkirchen und Rocksdorf, 1583 Kerkhofen und 1584 Bachhausen. Ein Zwang zum Übertritt wurde nicht ausgeübt.
Wie alle anderen Gemeinden im Landl blieb auch Oberndorf evangelisch, während es rund um die Grafschaft Wolfstein immer wieder ein konfessionelles Hin und Her gab. Das war Anlaß, zum Abendmahlsempfang und zu einer lutherischen Predigt ins Wolfsteinische zu gehen. Auch Obemdorf wurde sehr geme aufgesucht. Das Kommunikantenbuch gibt darüber genauen Aufschluß. In den Jahren 1614 bis 1624 sind 1124 Personen aus Obemdorf selbst eingetragen, auswärtige Gäste aber 1306 aus 75 Orten, darunter aus Kiesenhof 276, Frettenshofen 234, Thundorf 132, Röckersbühl 94, Mittelricht 70, Thannhausen 48. Im Durchschnitt kamen jährlich 102 Personen aus Obemdorf und 119 von außerhalb.
Der Altar
Der Flügelaltar von Oberndorf und ein weiterer in Pyrbaum sind die ältesten Altäre im Landkreis. Er kam 1698 von Pyrbaum nach Oberndorf und ist ein Werk der Frührenaissance, entstanden zwischen 1549 und 1558. Der Maler des Tafelbildes ist unbekannt.
Die Orgel
1785 wurde zum ersten Mal eine Orgel in Obemdorf aufgestellt und "hierdurch der Gemeindegesang wesentlich gebessert" (Zitat aus der Pfarrbeschreibung). 1885 baute Johann Strebel von Nümberg die jetzige Orgel zum Preis von 1400 Mark ein. Diese ist im wesentlichen bis heute unverändert geblieben.
Letzte große Instandsetzungsmaßnahme
Im Jahr 2015 konnte eine große Instandsetzungsmaßnahme an der Kirche abgeschlossen werden. Die komplette Fassade wurde erneuert und durch statische Sanierung der historische Dachstuhl gesichert. Der Zugang zur Kirche wurde barrierefrei gestaltet und das Leichenhaus saniert. Viele ehrenamtliche Arbeitsstunden haben die Finanzierung dieser Baumaßnahme überhaupt erst ermöglicht.
Am Reformationstag 2021 konnte die wertvolle Strebel-Orgel nach einer monatelangen Generalsanierung wieder in Gebrauch genommen werden.